มีหน้าที่ความรับผิดชอบ ดังนี้

                       1) ศึกษา พัฒนา สาธิตและส่งเสริมรูปแบบการจัดการอุทยานแห่งชาติทางทะเล ที่ได้มาตรฐาน เช่น ระบบนิเวศทุ่นจอดเรือ ทุ่นแนวเขต ท่าเรือลอยน้ำ แหล่งลอยน้ำ แหล่งดำน้ำ การบริหารจัดการอุปกรณ์พิเศษ เรือ เป็นต้น โดยเน้นการคุ้มครองระบบนิเวศและความหลากหลายทางชีวภาพ ฟื้นฟูทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมให้เป็นแหล่งศึกษาวิจัย ศึกษาธรรมชาติ นันทนาการและการท่องเที่ยว

                       2) จัดระบบสำรวจ ติดตามและประเมินสถานภาพของทรัพยากรธรรมชาติ โดยเฉพาะทรัพยากรที่สำคัญหายาก ใกล้สูญพันธุ์ ตลอดจนผลกระทบที่เกิดจากการเข้าไปท่องเที่ยวในพื้นที่อุทยานแห่งชาติ

                       3) กำหนดมาตรการ นโยบาย ข้อปฏิบัติ ข้อบังคับ ในการรักษาทรัพยากรธรรมชาติทางทะเล

                       4) จัดทำแผนงานโครงการศึกษาและพัฒนานวัตกรรมในการจัดการ โดยประสานความร่วมมือทั้งภาครัฐและเอกชน ในพื้นที่อุทยานแห่งชาติทางทะเล

                       5) จัดทำระบบฐานข้อมูลเพื่อการจัดการอุทยานแห่งชาติทางทะเล

                       6) จัดทำเอกสารทางวิชาการ คู่มือการจัดการต่างๆ ของอุทยานแห่งชาติทางทะเล

                       7) ควบคุม กำกับ ดูแลศูนย์ปฏิบัติการอุทยานแห่งชาติทางทะเล ที่ปฏิบัติหน้าที่

                       8) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

แบ่งงานรับผิดชอบ ดังนี้

1. ฝ่ายบริหารทั่วไป  (โทร 0 2579 7777 ต่อ 1711) มีหน้าที่ความรับผิดชอบ

                          - กำกับ ดูแลเกี่ยวกับงานสารบรรณ และการปฏิบัติงานที่เกี่ยวกับเอกสารต่าง ๆ ให้เป็นไปตามระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยงานสารบรรณ พ.ศ. 2526 และแก้ไขเพิ่มเติม

                          - ควบคุม ดูแลเวลาทำการ จัดทำงบเดือนเวลาทำการของข้าราชการ และเจ้าหน้าที่ในสังกัดตรวจสอบการลา และการขออนุมัติไปราชการของข้าราชการ ลูกจ้าง พนักงานราชการในสังกัดให้เป็นไปตามระเบียบที่เกี่ยวข้อง

                          - จัดทำคำของบประมาณประจำปีและเงินรายได้

                          - กำกับ ดูแล การเบิกจ่ายงบประมาณและตรวจสอบใบสำคัญต่าง ๆ ของข้าราชการและเจ้าหน้าที่ของส่วนจัดการอุทยานแห่งชาติทางทะเล

                          - จัดหาพัสดุ ควบคุม ดูแล ครุภัณฑ์ให้อยู่ในสภาพที่สามารถปฏิบัติงานได้ โดยให้เป็นไปตามระเบียบสำนักนายกรัฐมนตรีว่าด้วยการพัสดุ พ.ศ. 2535 และแก้ไขเพิ่มเติม

                          - ประสานงานขอใช้พาหนะเพื่อเดินทางไปราชการของข้าราชการและพนักงานในสังกัด

                          - ประสานการดำเนินการจัดทำรายงานประเมินผลบุคลากรและประเมินผลการดำเนินงานตามตัวชี้วัดของส่วนจัดการอุทยานแห่งชาติทางทะเล และงานอื่นๆ ที่ได้รับมอบหมาย

                          - จัดเก็บ รวบรวมฐานข้อมูลในส่วนที่เกี่ยวข้องกับหน้าที่รับผิดชอบ

                          - ปฏิบัติงานหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นหรือที่ได้รับมอบหมาย

2. ฝ่ายศึกษาและปฏิบัติการ (โทร 0 2579 7777 ต่อ 1711) มีหน้าที่ความรับผิดชอบ

                          - จัดทำแผนงานโครงการศึกษาและพัฒนานวัตกรรมในการจัดการ วิจัย และการสำรวจทรัพยากรในการจัดการอุทยานแห่งชาติทางทะเล โดยประสานงานความร่วมมือทั้งภาครัฐและภาคเอกชน ในพื้นที่อุทยานแห่งชาติทางทะเล

                          - ควบคุม ดูแลและประสานงานศูนย์ปฏิบัติการอุทยานแห่งชาติทางทะเล

                          - ศึกษา และวิจัยทรัพยากรในอุทยานแห่งชาติทางทะเล เพื่อฟื้นฟูทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อม 

                          - จัดระบบสำรวจ ติดตามและประเมินสถานภาพของทรัพยากรธรรมชาติ โดยเฉพาะทรัพยากรธรรมชาติที่สำคัญหายาก ใกล้สูญพันธุ์ และผลกระทบที่เกิดจากการเข้าไปท่องเที่ยวในพื้นที่อุทยานแห่งชาติทางทะเล

                          - กำหนดมาตรการ ข้อปฏิบัติ ข้อบังคับ ในการรักษาทรัพยากรธรรมชาติทางทะเล

                          - จัดเก็บ รวบรวมฐานข้อมูลในส่วนที่เกี่ยวข้องกับหน้าที่รับผิดชอบ

                          - ปฏิบัติงานหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นหรือที่ได้รับมอบหมาย

3. ฝ่ายประสานและพัฒนาอุทยานแห่งชาติทางทะเล (โทร 0 2579 7777 ต่อ 1711) มีหน้าที่ความรับผิดชอบ

                          - ศึกษาพัฒนานวัตกรรม สาธิตและส่งเสริมรูปแบบการจัดการอุทยานแห่งชาติทางทะเลให้ได้มาตรฐาน เช่น ระบบนิเวศทุ่นจอดเรือ ทุ่นแนวเขต ท่าเทียบเรือลอยน้ำ แหล่งลอยน้ำ แหล่งดำน้ำ การบริหารจัดการอุปกรณ์พิเศษ เรือ เป็นต้น โดยเน้นการคุ้มครองระบบนิเวศและความหลากหลายทางชีวภาพ ฟื้นฟูทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมให้เป็นแหล่งศึกษาวิจัย ศึกษาธรรมชาติ นันทนาการและสิ่งแวดล้อม

                          - พัฒนาระบบติดตั้งทุ่นประเภทต่างๆ

                          - พัฒนาท่าเทียบเรือ

                          - พัฒนารูปแบบเรือและยานพาหนะทางน้ำ

                          - พัฒนาพลังงานสะอาด

                          - พัฒนาสิ่งอำนวยความสะดวกต่างในอุทยานแห่งชาติ

                          - ประสานงานด้านความปลอดภัยและกู้ภัย

                          - ปฏิบัติงานพิเศษนอกเหนือจากภารกิจของฝ่ายต่างๆ

                          - จัดเก็บ รวบรวมฐานข้อมูลในส่วนที่เกี่ยวข้องกับหน้าที่รับผิดชอบ

                          - ปฏิบัติงานหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นหรือที่ได้รับมอบหมาย

4 ฝ่ายส่งเสริมและเผยแพร่ (โทร 0 2579 7777 ต่อ 1711) มีหน้าที่ความรับผิดชอบ

                          - กำหนดมาตรการ นโยบาย ข้อปฏิบัติ ข้อบังคับ ในการรักษาทรัพยากรธรรมชาติทางทะเล

                          - ส่งเสริมการบริหารจัดการอุทยานแห่งชาติทางทะเลโดยการมีส่วนร่วม

                          - สาธิตและส่งเสริมรูปแบบการบริหารจัดการอุทยานแห่งชาติทางทะเลให้เป็นไปตามหลักการจัดการอุทยานแห่งชาติที่ได้มาตรฐาน

                          - ถ่ายทอดองค์ความรู้ และเทคโนโลยี เกี่ยวกับการจัดการอุทยานแห่งชาติทางทะเล ให้แก่ เจ้าหน้าที่อุทยานแห่งชาติทางทะเล

                          - จัดทำเอกสารทางวิชาการเผยแพร่และคู่มือการดำเนินงานเกี่ยวกับการบริการจัดการอุทยานแห่งชาติทางทะเล และถ่ายทอดผลการศึกษาการพัฒนาการบริหารจัดการพื้นที่อุทยานแห่งชาติทางทะเลให้แก่เจ้าหน้าที่และผู้สนใจทั่วไป

                          - ติดตาม ประเมินผล และปรับปรุงรูปแบบการบริหารจัดการอุทยานแห่งชาติทางทะเล ให้มีประสิทธิภาพ

                          - จัดทำระบบสื่อความหมาย และดำเนินกิจกรรมด้านนันทนาการและการท่องเที่ยว

                          - จัดเก็บ รวบรวมฐานข้อมูลในส่วนที่เกี่ยวข้องกับหน้าที่รับผิดชอบ

                          - ปฏิบัติงานหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นหรือที่ได้รับมอบหมาย

5. ศูนย์ปฏิบัติการอุทยานแห่งชาติทางทะเล (โทร 0 2579 7777 ต่อ 1711)

5.1 ศูนย์ปฏิบัติการอุทยานแห่งชาติทางทะเลที่ 1 จังหวัดชุมพร มีหน้าที่ความรับผิดชอบ

                          - ศึกษา สำรวจ วิจัย พัฒนานวัตกรรมในการจัดการอุทยานแห่งชาติทางทะเล โดยเน้นการคุ้มครองระบบนิเวศและความหลากหลายทางชีวภาพ ฟื้นฟูทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมให้เป็นแหล่งศึกษาวิจัย ศึกษาธรรมชาติ นันทนาการและการท่องเที่ยว รวมถึงการมีส่วนร่วมกับชุมชนและผู้เกี่ยวข้อง

                          - สำรวจ ติดตามและประเมินสถานภาพของทรัพยากรธรรมชาติ โดยเฉพาะทรัพยากรที่สำคัญหายาก ใกล้สูญพันธุ์ ตลอดจนผลกระทบที่เกิดจากการเข้าไปท่องเที่ยวในพื้นที่อุทยานแห่งชาติทางทะเล

                          - จัดการเรื่องทุ่น ท่าเทียบเรือ เรือ อุปกรณ์ดำน้ำ ฯลฯ

                          - สนับสนุนการใช้นวัตกรรมและเทคนิคทางวิชาการในพื้นที่อุทยานแห่งชาติทางทะเล

                          - สนับสนุนและประสานงานกู้ภัยกับศูนย์ประสานงานกู้ภัยอุทยานแห่งชาติในพื้นที่ที่เกี่ยวข้อง

                          - สำรวจ รวบรวม จัดทำฐานข้อมูลในส่วนที่เกี่ยวข้องกับหน้าที่รับผิดชอบ

                          - ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

                          - รับผิดชอบดำเนินการในพื้นที่อุทยานแห่งชาติทางทะเล ฝั่งอ่าวไทยตอนล่าง จำนวน 8 แห่ง ได้แก่

                   1) อุทยานแห่งชาติเขาสามร้อยยอด                   จังหวัดประจวบคีรีขันธ์

                   2) อุทยานแห่งชาติหาดวนกร                          จังหวัดประจวบคีรีขันธ์

                   3) อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะชุมพร                      จังหวัดชุมพร

                   4) อุทยานแห่งชาติธารเสด็จ-เกาะพะงัน              จังหวัดสุราษฎร์ธานี

                   5) อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะอ่างทอง                   จังหวัดสุราษฎร์ธานี

                   6) อุทยานแห่งชาติหาดขนอม-หมู่เกาะทะเลใต้       จังหวัดสุราษฎร์ธานี,จังหวัดนครศรีธรรมราช

                   7) อุทยานแห่งชาติอ่าวมะนาว-เขาตันหยง            จังหวัดนราธิวาส

                   8) อุทยานแห่งชาติอ่าวสยาม                          จังหวัดประจวบคีรีขันธ์

5.2 ศูนย์ปฏิบัติการอุทยานแห่งชาติทางทะเลที่ 2 จังหวัดภูเก็ต มีหน้าที่ความรับผิดชอบ

                          - ศึกษา สำรวจ วิจัย พัฒนานวัตกรรมในการจัดการอุทยานแห่งชาติทางทะเล โดยเน้นการคุ้มครองระบบนิเวศและความหลากหลายทางชีวภาพ ฟื้นฟูทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมให้เป็นแหล่งศึกษาวิจัย ศึกษาธรรมชาติ นันทนาการและการท่องเที่ยว รวมถึงการมีส่วนร่วมกับชุมชนและผู้เกี่ยวข้อง

                          - สำรวจ ติดตามและประเมินสถานภาพของทรัพยากรธรรมชาติ โดยเฉพาะทรัพยากรที่สำคัญหายาก ใกล้สูญพันธุ์ ตลอดจนผลกระทบที่เกิดจากการเข้าไปท่องเที่ยวในพื้นที่อุทยานแห่งชาติทางทะเล

                          - จัดการเรื่องทุ่น ท่าเทียบเรือ เรือ อุปกรณ์ดำน้ำ ฯลฯ

                          - สนับสนุนการใช้นวัตกรรมและเทคนิคทางวิชาการในพื้นที่อุทยานแห่งชาติทางทะเล

                          - สนับสนุนและประสานงานกู้ภัยกับศูนย์ประสานงานกู้ภัยอุทยานแห่งชาติในพื้นที่ที่เกี่ยวข้อง

                          - สำรวจ รวบรวม จัดทำฐานข้อมูลในส่วนที่เกี่ยวข้องกับหน้าที่รับผิดชอบ

                          - ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

                          - รับผิดชอบดำเนินการในพื้นที่อุทยานแห่งชาติทางทะเล ฝั่งอันดามันตอนบน จำนวน 9 แห่ง ได้แก่

                   1) อุทยานแห่งชาติลำน้ำกระบุรี             จังหวัดระนอง

                   2) อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะระนอง          จังหวัดระนอง

                   3) อุทยานแห่งชาติแหลมสน                 จังหวัดระนอง

                   4) อุทยานแห่งชาติเขาหลัก-ลำรู่             จังหวัดพังงา

                   5) อุทยานแห่งชาติเขาลำปี-หาดท้ายเหมือง จังหวัดพังงา

                   6) อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะสุรินทร์          จังหวัดพังงา

                   7) อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะสิมิลัน            จังหวัดพังงา

                   8) อุทยานแห่งชาติอ่าวพังงา                 จังหวัดพังงา

                   9) อุทยานแห่งชาติสิรินาถ                   จังหวัดภูเก็ต

5.3 ศูนย์ปฏิบัติการอุทยานแห่งชาติทางทะเล ที่ 3 จังหวัดตรัง มีหน้าที่ความรับผิดชอบ

                                  - ศึกษาสำรวจวิจัยพัฒนานวัตกรรมในการจัดการอุทยานแห่งชาติทางทะเล โดยเน้นการคุ้มครองระบบนิเวศและความหลากหลายทางชีวภาพ ฟื้นฟูทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมให้เป็นแหล่งศึกษาวิจัย ศึกษาธรรมชาติ นันทนาการและการท่องเที่ยว รวมถึงการมีส่วนร่วมกับชุมชนและผู้เกี่ยวข้อง

                          - สำรวจ ติดตามและประเมินสถานภาพของทรัพยากรธรรมชาติ โดยเฉพาะทรัพยากรที่สำคัญหายาก ใกล้สูญพันธุ์ ตลอดจนผลกระทบที่เกิดจากการเข้าไปท่องเที่ยวในพื้นที่อุทยานแห่งชาติทางทะเล

                          - จัดการเรื่องทุ่น ท่าเทียบเรือ เรือ อุปกรณ์ดำน้ำ ฯลฯ

                          - สนับสนุนการใช้นวัตกรรมและเทคนิคทางวิชาการในพื้นที่อุทยานแห่งชาติทางทะเล

                          - สนับสนุนและประสานงานกู้ภัยกับศูนย์ประสานงานกู้ภัยอุทยานแห่งชาติในพื้นที่ที่เกี่ยวข้อง

                          - สำรวจ รวบรวม จัดทำฐานข้อมูลในส่วนที่เกี่ยวข้องกับหน้าที่รับผิดชอบ

                          - ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

                          - รับผิดชอบดำเนินการในพื้นที่อุทยานแห่งชาติทางทะเล ฝั่งอันดามันตอนล่าง จำนวน 7 แห่ง ได้แก่

                   1) อุทยานแห่งชาติธารโบกขรณี                      จังหวัดกระบี่

                   2) อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะลันตา                     จังหวัดกระบี่

                   3) อุทยานแห่งชาติหาดนพรัตน์ธารา-หมู่เกาะพีพี    จังหวัดกระบี่

                   4) อุทยานแห่งชาติหาดเจ้าไหม                       จังหวัดตรัง

                   5) อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะเภตรา                     จังหวัดสตูล

                   6) อุทยานแห่งชาติตะรุเตา                             จังหวัดสตูล

                   7) อุทยานแห่งชาติทะเลบัน                            จังหวัดสตูล

5.4 ศูนย์ปฏิบัติการอุทยานแห่งชาติทางทะเลที่ 4 จังหวัดตราด มีหน้าที่ความรับผิดชอบ

                          - ศึกษา สำรวจ วิจัย พัฒนานวัตกรรมในการจัดการอุทยานแห่งชาติทางทะเล โดยเน้นการคุ้มครองระบบนิเวศและความหลากหลายทางชีวภาพ ฟื้นฟูทรัพยากรธรรมชาติและสิ่งแวดล้อมให้เป็นแหล่งศึกษาวิจัย ศึกษาธรรมชาติ นันทนาการและการท่องเที่ยว รวมถึงการมีส่วนร่วมกับชุมชนและผู้เกี่ยวข้อง

                          - สำรวจ ติดตามและประเมินสถานภาพของทรัพยากรธรรมชาติ โดยเฉพาะทรัพยากรที่สำคัญหายาก ใกล้สูญพันธุ์ ตลอดจนผลกระทบที่เกิดจากการเข้าไปท่องเที่ยวในพื้นที่อุทยานแห่งชาติทางทะเล

                          - จัดการเรื่องทุ่น ท่าเทียบเรือ เรือ อุปกรณ์ดำน้ำ ฯลฯ

                          - สนับสนุนการใช้นวัตกรรมและเทคนิคทางวิชาการในพื้นที่อุทยานแห่งชาติทางทะเล

                          - สนับสนุนและประสานงานกู้ภัยกับศูนย์ประสานงานกู้ภัยอุทยานแห่งชาติในพื้นที่ที่เกี่ยวข้อง

                          - สำรวจ รวบรวม จัดทำฐานข้อมูลในส่วนที่เกี่ยวข้องกับหน้าที่รับผิดชอบ

                          - ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย

                          - รับผิดชอบดำเนินการในพื้นที่อุทยานแห่งชาติทางทะเล ฝั่งตะวันออก จำนวน 2 แห่ง ได้แก่

          1) อุทยานแห่งชาติหมู่เกาะช้าง                        จังหวัดตราด

          2) อุทยานแห่งชาติเขาแหลมหญ้า-หมู่เกาะเสม็ด     จังหวัดระยอง